マウスのホイールなどで画面をスクロールをする際、マウスポインターを重ねたウィンドウが対象になるはずですが、「スクロールできない場合がある」なら【ホバーしたときに非アクティブウィンドウをスクロールする】の設定を確認すると良いです。
スクロールできない場合がある
Webブラウザなどではスクロールできても、エクスプローラーなどがスクロールできない場合は、ウィンドウがアクティブ（最前面）でない可能性があります。
Windows 11では、ウィンドウがアクティブでなくともスクロール操作が反応するようになっていますが、これは誤作動を防止するためかオフに切り替えることができるようになっています。
オフにするとアクティブなウィンドウでスクロールする／非アクティブなウィンドウではスクロールしないと言った挙動になり、オンに切り替えれば非アクティブなウィンドウでもスクロールするとなります。
非アクティブなウィンドウもスクロールする手順
設定のBluetoothとデバイスよりマウスをクリックします。
マウスよりホバーしたときに非アクティブウィンドウをスクロールするをオンに切り替えます（画像はオンの状態）。
非アクティブなウィンドウもスクロールするやり方は以上です。