Windows 11に接続したマウスでスクロールをするとき、マウスポインターを重ねたウィンドウが対象になります。
ただ、「最前面のウィンドウはスクロールできる」のに「それ以外はスクロールできない」と言った場合は、設定の【ホバーしたときに非アクティブウィンドウをスクロールする】がオフになっている可能性があります。
ちなみに、この設定は【マウス】だけであり［タッチパッド］にはありません。
アクティブ／非アクティブとは？
ウィンドウとウィンドウは重ねて表示することができ、この場合に「一番前にあるウィンドウ」がアクティブウィンドウであり最前面などとも呼ばれ、逆にそれ以外の後ろに隠れたウィンドウを非アクティブウィンドウなどと呼びます。
非アクティブウィンドウの見切れた部分にマウスポインターを重ねた際に、スクロール操作が「できる」「できない」は設定によって選択できるようになっています。
非アクティブなウィンドウもスクロールする手順
設定のBluetoothとデバイスよりマウスをクリックします。
マウスよりホバーしたときに非アクティブウィンドウをスクロールするをオンに切り替えます（画像はオンの状態）。
非アクティブなウィンドウもスクロールするやり方は以上です。