Windows 11や10でフォルダーの移動やコピーをした際、同名のフォルダーがあっても中身が異なっていれば上書き（結合）されますが、【フォルダーの上書きの確認】のダイアログを表示して結合するか選択するようにできます。
フォルダーの結合の競合が非表示
デフォルトでは移動／コピー先に同名フォルダーがある場合には、フォルダー内にファイル名が同じファイルがある場合にファイルの置換またはスキップダイアログが表示されます。
逆に、すべてのファイル名が異なる場合はダイアログが表示されることなく上書き（結合）されますが、これはエクスプローラーのフォルダーオプションによってフォルダーの結合の競合を非表示にするがオンであることが理由です。
そのため、これをオフにすればフォルダーの上書きの確認ダイアログを表示できます。
“フォルダーの上書きの確認”ダイアログを表示する手順
Windows 11
エクスプローラーの…よりオプションをクリックします。
フォルダーオプションの表示よりフォルダーの結合の競合を非表示にするのチェックを外します。
Windows 11でのやり方は以上です。
Windows 10
エクスプローラーの表示よりオプションをクリックします。
オプションの表示よりフォルダーの結合の競合を非表示にするのチェックを外します。
Windows 10でのやり方は以上です。